С 1990-х годов Мотыль неоднократно избирался в правление Союза кинематографистов, он являлся секретарем Союза кинематографистов Москвы. Более десяти последних лет жизни режиссер преподавал в школах кино, телевидения, вел мастерские Высших курсов сценаристов и режиссеров. О своей преподавательской работе Мотыль рассказывал: «Ни одну лекцию или интервью я не провожу без отрывка из нобелевской речи Фолкнера. «Убрать из своей творческой мастерской все, кроме правды сердца, кроме старых и вечных истин: любви, чести, жалости, гордости, сострадания, самопожертвования, без которых любое произведение эфемерно и обречено на забвение». Вопреки запретам, в СССР на сопротивлении вырос Серебряный век, выдающиеся имена гуманистической литературы XX века: Платонов, Бунин, Пастернак, Булгаков, Ахматова, Окуджава... Власти не смогли вогнать в стойло соцреализма и таких художников, как Тарковский, Параджанов, Шукшин, Иоселиани. Достанет ли мужества молодым творцам не попасть под циничный диктат рынка, не менее жестокого, чем тоталитарная идеология минувшего века?»
Рассказ о биографии Владимира Мотыля и телевизионная передача «Человек в кадре» на сайте «Чтобы помнили».